ชั้นที่สอง จัดแสดงของใช้ประเภทต่าง ๆ เครื่องเบญจรงค์ เครื่องลายคราม ถ้วยชามของใช้ ปั้นชา แก้วเจียระไน เครื่องทองเหลือง เครื่องเขิน เครื่อง ไม้ ถาดเคลือบ และห้องมุก ซึ่งมีธรรมาสน์มุกของหลวงปู่บุญ ซึ่งพระวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าอาทิตย์ทิพอาภา ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในรัชกาลที่ 8 สร้างถวาย โดยมีสัญลักษณ์รูปพระอาทิตย์ฯ และตัวอักษรจีนอยู่พนักธรรมาสน์ ‍ ชั้นที่สาม จัดแสดงพระบุเงินและพระบูชาไม้แกะ พระเนื้อทองเหลืองทรงเครื่องและพระมาลัยโปรดสัตว์นรก ในห้องซีกตะวันตก ซึ่งมีธรรมาสน์บุษบก ไม้แกะปิดทองของเก่าคู่กับวัดตั้งเป็นประธานในด้านนี้ ส่วนซีกตะวันออกจัดแสดงพระบูชาขนาดใหญ่ มีทั้งที่เป็นของเก่าและที่พุทธบริษัทสร้างถวายในสมัยหลวงปู่บุญ ตรงส่วนกลางของชั้นสาม คือกุฏิเก่าของหลวงปู่ ส่วนประกอบที่เนื้อไม้ยังพอใช้ได้ โดยเฉพาะบรรดาฝาปกนต่าง ๆ และลายฉลุช่องลมกับประตูหน้าต่าง ได้นำมาประกอบเป็นกุฏิของท่านในลักษณะเดิม เพื่อประดิษฐานรูปหุ่นขี้ผึ้งของหลวงปู่ ประกอบกับข้าวของเครื่องใช้ของท่านเหมือนกับสมัยเมื่อท่านยังมีชีวิตอยู่ พระพุทธรูปขนาดใหญ่ตรงกลางภายในกุฏิ คือพระสัมพุทธมหามุนี พุทธวิถีนายก ปุญญวสนนิมมิตสมัยเชียงแสน ซึ่งหลวงปู่เพิ่มได้พระเศียรมาจากเมืองเชียงแสน แล้วได้สร้างซ่อมแซมจนเป็นองค์ที่สมบูรณ์ ‍ กว่าจะเป็นพิพิธภัณฑ์พระพุทธวิถีนายก เมื่อครั้งเป็นเด็ก ผู้เขียน ( นายสุธน ศรีหิรัญ ) ได้เรียนหนังสือชั้นประถมที่โรงเรียนพุทธวิถีประสิทธิ์ ซึ่งหลวงปู่บุญฯ เป็นผู้ตั้งขึ้น เรียนจนถึงชั้นมัธยมที่โรงเรียนเพิ่มวิทยา ซึ่ง หลวงปู่เพิ่ม เป็นผู้ตั้งขึ้น โรงเรียนทั้งสองแห่งนี้อยู่ในวัดกลางบางแก้ว สมัยนั้นร่มครึ้มด้วยต้นไม้ใหญ่น้อยเขียวขจี ริมแม่น้ำนครชัยศรีก็ดูร่มรื่นเย็นสบาย สงบและน่าอภิรมย์ยิ่งนัก ตรงหน้าพิพิธภัณฑ์พระพุทธวิถีนายก ( ปัจจุบันนี้ ) มีคลองเจาะจากแม่น้ำเข้ามาถึงหอไตรทำเป็นที่จอดเรือ ซึ่งกุฏิของหลวงปู่บุญอยู่บริเวณพิพิธภัณฑ์ในปัจจุบัน หลวงปู่จึงลงเรือไปไหนมาไหนตรงหน้ากุฏิของท่าน ถัดขึ้นไปเป็นสะพานข้างต้นตะเคียนเชื่อมต่อกับหอระฆังเป็นเส้นทางเดินไปสู่ โบสถ์ตรงที่ตั้งอนุสาวรีย์ หลวงปู่บุญปัจจุบันนี้เดิมเป็นกุฏิ ตึกมีต้นสมอพิเภกใหญ่อยู่ข้างกุฏิ บริเวณนี้คือสถานที่เผาพระเนื้อดินของหลวงปู่บุญ สมัยเป็นเด็กผู้เขียนวิ่งเล่นอยู่บริเวณนี้เป็นประจำสนุกสนาน และเป็นสุขอย่างยิ่ง